La función de este filtro, principalmente, es la de trasformar las substancias nitrogenadas nocivas que hay presentes en el agua por otras que resultan menos peligrosas para los peces.Es la que llevan a cabo las bacterias. La mortalidad masiva de peces que suelen sufrir los principiantes suele deberse a que no han dado tiempo a que se desarrolle la población de bacterias que constituyen este filtro.
La acumulación de gran cantidad de suciedad en un filtro biológico es nocivo para las bacterias que lo colonizan, pudiendo llegar a matarlas, por lo cual se hace necesaria un filtrado mecánico previo a el filtro biológico.
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