Los restos de alimentos, heces y plantas producen en su descomposición amoníaco, que, una vez entra en contacto con el agua se transforma en amonio. Éste, a su vez, se transforma en nitritos por la acción de las bacterias nitrosomas, y luego se convierte, por último, en nitratos.
Estos nitratos son sustancias muy nocivas si llegan a tener una alta concentración. Por ello, se deben eliminar eficazmente y este proceso se puede llevar a cabo de dos formas. En primer lugar, adquirir un desnitrificador, que, al separar el oxígeno del nitrógeno obliga a éste último a evaporarse en forma de gas. Un método mucho más económico consistirá en cambiar parcialmente el agua (entre un 15 y un 30% del total) cada 20 días.