Entre los daños que produce el amoniaco se incluyen daños a tejidos y órganos, como las branquias, desequilibrio físico , disminución del apetito...Disminuye la resistencia a enfermedades (por falta de células que regeneren tejidos y que ayuden a compensar los daños en los órganos internos del pez ) llegando a la muerte del pez.
Los primeros compuestos en aparecer durante el ciclo del Nitrógeno son el Amoniaco tóxico y el no tóxico o Amonio. La proporción de ambos en el tanque depende sobremanera del grado de acidez o alcalinidad del pH. A pH neutro (valor 7) o ligeramente ácido (inferior a 7) aparece el Amónio y no produce ningún tipo de intoxicación. Además resulta un estupendo abono para las plantas. Por el contrario, a grados de pH por encima de 7 (es decir alcalinos) aparece el Amoniaco que es el compuesto más tóxico que existe en el ciclo del Nitrógeno.
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